Lembaga Pendidikan Tinggi Imam Bonjol di Padang Panjang berdiri pada tanggal 28 November 1966 dengan membuka Fakultas Ushuluddin. Seiring dengan perkembangan zaman, Lembaga Pendidikan Tinggi Imam Bonjol juga telah mengalami beberapa fase perkembangan. Pada tahun 1980 Fakultas Ushuluddin ditarik ke induknya pada IAIN Imam Bonjol Padang. Pada tahun 1983 kembali dibuka fakultas Ushuludin dengan status lokal jauh. Keberadaan Fakultas Ushuluddin ini telah memberikan kontribusi yang positif bagi pembangunan Kota Padang Panjang khususnya dan Sumatera Barat umumnya. Kiprah alumninya tersebar di eksekutif, legislatif, yudikatif dan organisasi kemasyarakatan.
Menapaki usianya yang ke-31 pada tahun 1997, Fakultas Ushuluddin lokal jauh Padang Panjang dikembangkan statusnya sebagai Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Imam Bonjol Padang Panjang dengan tetap membawa misi pembangunan mentalitas umat serta berorientasi pada dakwah dan pendidikan. Dasar pemikiran ini sejalan dengan kebijakan pemerintah daerah untuk meningkatkan mutu pendidikan Islam di Kota Padang Panjang.
Keberadaan Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Imam Bonjol di Kota Padang Panjang merupakan salah satu pilar pembangunan kota ini. Mengingat urgensi STAI Imam Bonjol Padang Panjang, maka pemerintah daerah Kota Padang Panjang telah mengajukan surat permohonan untuk meningkatkan status STAI menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) kepada Menteri Agama Republik Indonesia dengan surat Nomor 400/SIQ/Sosial-1997.